تماس شترمرغ ها با پرنده های بومی و وحشی ، هم غذا شدن با آنها و تغذیه از آب و غذای آلوده به ترشحات و فضولات سایر پرنده ها سبب بروز بیماری نیوکاسل می شود.
با توجه به اینکه شترمرغ ها در فضای آزاد و مراتع پرورش داده می شوند، بنابراین جداسازی آنها از پرنده های وحشی کمی مشکل است، اما با استفاده از جیره غذایی مقوی و سرشار از ویتامین و مواد معدنی، تا حد زیادی می توان سیستم ایمنی بدن آنها را تقویت نموده میزان درگیری بیماری را کاهش داد.
بهتر است جوجه شترمرغ ها را تا سن دو الی سه ماهگی در یک فضای بسته و کنترل شده پرورش داده و سپس جهت چرا به مراتع و فضای باز انتقال دهید. در این حین می توانید جهت واکسیناسیون اقدام کنید. اولین واکسن در سن دو هفتگی و به صورت قطره چشمی خواهد بود، دومین واکسن در سن یک ماهگی به صورت تزریق زیر جلدی در ناحیه زیر گلو یا زیر بال جوجه شترمرغ خواهد بود
یکی از بهترین و معتبر ترین راه های جلوگیری از بیماری نیوکاسل واکسیناسیون پرندگان است این روش به سه صورت انجام می شود. دادن قطره به پرندگان، اسپری کردن در محیطی که پرندگان هستند و روش آشامیدنی که محلول را داخل آب با دمای ۶ تا ۱۵ درجه مخلوط کرده و در آبشخور های پرندگان می ریزند تا تمامی آن ها را در برابر مریضی واکسینه کنند.
بستر شترمرغ ها را همواره تمیز کنید، برای این منظور از خاک اره و یا پوشال های نرم استفاده کرده و هر چند روز یکبار بستر را تعویض کنید، فضولات زیاد برجای مانده بر بستر عامل بسیاری از بیماری های دیگر است.
ظروف آبخوری و دانخوری را قبل از هر بار آب و غذا دادن به خوبی بشویید

در صورت مشاهده کوچکترین آلودگی در ظرف آب و غذای آنها، نسبت به تعویض جیره اقدام کنید. مکان های به خصوصی را برای آب و غذا دادن به شترمرغ ها در نظر بگیرید که سایر پرنده ها به آنجا دسترسی نداشته باشند.
شناسایی به موقع پرنده های بی حال و کسل و قرنطینه کردن آنها نیز تا حد زیادی می تواند از درگیری کل گله جلوگیری کند، اما برای جلوگیری از انتشار کامل ویروس کافی نیست.
نیوکاسل شترمرغ عضلانی، عصبی و اسکلتی می باشد که جوجه های کمتر از ۹ ماه را مبتلا می کند. اگر نیوکاسل شترمرغ در جوجه های ۳ الی ۴ ماهه بوجود آید، حدود ۸۰ ٪ و یا بیشتر تلفات دارد و اگردر بالغین بوجود بیاید گله بایستی سريعاً کشتار گردد.